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Verschiedene Taxonomien für verschiedene Chemikalien: Verbesserte Darstellung des Naturstoffstoffwechsels in UniProtKB

Verschiedene Taxonomien für verschiedene Chemikalien: Verbesserte Darstellung des Naturstoffstoffwechsels in UniProtKB

Die UniProt Knowledgebase UniProtKB ist eine umfassende, qualitativ hochwertige und frei zugängliche Ressource für Proteinsequenzen und funktionelle Annotationen, die Genome und Proteome aus Zehntausenden von Taxa abdeckt, einschließlich einer breiten Palette von Pflanzen und Mikroorganismen, die natürliche Produkte aus Medizin, Ernährung und Ernährung produzieren. und agronomisches Interesse. Hier beschreiben wir Arbeiten, die den Nutzen von UniProtKB als Unterstützung sowohl für das Studium von Naturstoffen als auch für deren Entdeckung verbessern.

Die Grundlage dieser Arbeit ist eine verbesserte Darstellung des Naturstoffstoffwechsels in UniProtKB unter Verwendung von Rhea, einer von Experten kuratierten Wissensdatenbank für biochemische Reaktionen, die auf der ChEBI-Ontologie (Chemical Entities of Biological Interest) kleiner Moleküle basiert. Das Wissen über Naturstoffe und Vorläufer wird in ChEBI, enzymkatalysierten Reaktionen in Rhea und Enzymen in UniProtKB / Swiss-Prot erfasst, wodurch chemische Strukturdaten direkt mit Proteinwissen verknüpft werden.

Wir bieten eine praktische Demonstration, wie Benutzer UniProtKB durch interaktive oder programmatische Abfragen unter Verwendung von Metabolitennamen und -synonymen, chemischen Identifikatoren, chemischen Klassen und chemischen Strukturen nach für Naturprodukte relevanten Proteinwissen durchsuchen können, und zeigen, wie UniProtKB mit anderen Daten und Wissensressourcen zusammengeführt werden kann und Tools, die semantische Webtechnologien wie RDF und SPARQL verwenden. Alle UniProtKB-Daten stehen in einer Vielzahl von Formaten zum Download frei zur Verfügung, damit Benutzer sie weiter abbauen oder als Anmerkungsquelle nutzen können, um andere Naturstoffdatensätze und -datenbanken anzureichern.

Umwelt umweltfreundlicher machen: Viele Prinzipien für die wirtschaftliche Produktion von organischen Massenchemikalien, deren Synthesen möglicherweise die höchsten Umweltauswirkungen haben, überschneiden sich derzeit mit Prinzipien der grünen Chemie. Es bleiben jedoch genügend Herausforderungen bestehen, um die industrielle organische Synthese noch umweltfreundlicher und effizienter zu gestalten, was Forschung und innovative Verfahren erfordert. Wie effizient industrielle organische Chemie mit Prinzipien der grünen Chemie einhergehen kann, zeigt dieser Artikel von Science Voices.

pH-responsives natürliches polymeres Gene Delivery Shielding System basierend auf dynamischer kovalenter Chemie

Ein neuartiges auf den pH-Wert reagierendes System auf der Basis von Aldehyd-tragenden Dextranderivaten (ODEX oder FDEX) wurde zur Verwendung als Genträgerabschirmung entwickelt. Durch pH-sensitive Schiff-Base-Bindungen zwischen Aminogruppen von PEI (im PEI / DNA-Polyplex) und Aldehydgruppen von Dextranderivaten konnte der PEI / DNA-Polyplex abgeschirmt und weiter kondensiert werden, um ein effektiv abnehmendes ζ-Potential bei kleinerer Größe zu erhalten. Schiffsche Basenbindungen reagierten auf den pH-Wert, die in neutraler Umgebung relativ stabil waren, in leicht sauren und sauren Umgebungen jedoch deformiert wurden.

Durch Verwendung dieser Eigenschaft wurde der PEI / DNA-Polyplex während der Zirkulation im Körper wirksam abgeschirmt, und bei Ankunft am Tumor löste der leicht saure pH-Wert das Aufbrechen von Schiff-Basenbindungen aus, um den positiven PEI / DNA-Polyplex freizulegen, der weiter interagierte mit Tumorzellmembranen, um eine effiziente Genexpression zu erreichen. Die Verwendung solcher Eigenschaften könnte das hohe Dilemma zwischen Transfektionseffizienz und Stabilität von Genträgern wirksam angehen. FDEX / PEI / DNA-Nanopartikel vermitteln nicht nur eine höhere zelluläre Aufnahme- und Transfektionseffizienz in vitro, sondern reichern sich auch effektiv in Tumoren an

deren Genexpression in vivo höher ist als die der ODEX-Analoga. Infolgedessen ist dieses auf den pH-Wert reagierende System eine vielversprechende Strategie für die Krebstherapie. Ein neuartiger und vielseitiger Toolkit-Ansatz zur Funktionalisierung von Biomaterialien unterschiedlicher Art wird beschrieben. Diese Methode basiert auf der Festphasenkonjugation spezifischer Verankerungseinheiten an ein harzgebundenes Azido-funktionalisiertes Peptid unter Verwendung der Klick-Chemie.

Ein synergistisches multifunktionales Peptidgerüst mit zelladhäsiven Eigenschaften wurde als Modellverbindung verwendet, um die Vielseitigkeit dieses neuen Ansatzes zu demonstrieren. Titan-, Gold- und Polymilchsäureoberflächen wurden nach dieser Methode biofunktionalisiert, was durch physikalisch-chemische Oberflächencharakterisierung mit XPS bestätigt wurde. In-vitro-Tests unter Verwendung von mesenchymalen Stammzellen zeigten eine verbesserte Zelladhäsion an den funktionalisierten Proben, was die Fähigkeit dieser Strategie zur effizienten Bioaktivierung verschiedener Arten von Biomaterialien belegt.

Verschiedene Taxonomien für verschiedene Chemikalien: Verbesserte Darstellung des Naturstoffstoffwechsels in UniProtKB

Ein neuer Mehrstrahlapparat zur Untersuchung der Oberflächenchemie zur Bildung komplexer organischer Moleküle im Weltraum

Eine Mehrstrahl-Ultrahochvakuumvorrichtung wird vorgestellt. In diesem Artikel beschreiben wir den Entwurf und die Konstruktion eines neuen Labor-Astrophysik-Experiments – VErs de NoUvelles Synthèses (VENUS) -, das die nichtenergetischen Festkörperbildungsbedingungen komplexer organischer Moleküle in dunklen Wolken und zirkumstellaren Umgebungen nachbildet. Die neuartige Implementierung von vier operativ differentiell gepumpten Strahllinien wird verwendet, um die Machbarkeit und die Geschwindigkeit für die verschiedenen Reaktionen zu bestimmen, die zur Bildung von Molekülen mit mehr als sechs Atomen beitragen.

Die Daten werden mittels Fourier-Transformations-Infrarotspektroskopie und Quadrupol-Massenspektrometrie gesammelt. Der goldbeschichtete Probenhalter erreicht Temperaturen zwischen 7 K und 400 K. Die Apparatur wurde sorgfältig kalibriert und das Erfassungssystem entwickelt, um sicherzustellen, dass die experimentellen Parameter so genau wie möglich aufgezeichnet werden. Es wurden große Anstrengungen unternommen, um die Strahllinien zur Probe hin konvergieren zu lassen. Es wurden Experimente entwickelt, um die Strahlausrichtung unter Verwendung von Reaktionssystemen neutraler Spezies (NH3 und H2CO) zu überprüfen.

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Vorläufige ursprüngliche Ergebnisse wurden für das {NO + H} -System erhalten, das zeigt, dass die Chemie nur in der allerersten äußeren Schicht der abgelagerten Spezies auftritt, dh die chemische Schicht und die physikalische Schicht fallen zusammen. Dieser Artikel veranschaulicht die Eigenschaften, die Leistung und das zukünftige Potenzial des neuen Geräts im Hinblick auf die bevorstehende Einführung des James Webb-Weltraumteleskops. Wir zeigen, dass VENUS durch seine Beiträge zur Oberflächenwissenschaft und Astrochemie einen großen Einfluss haben wird.